Bên cạnh những kết quả nổi bật, lĩnh vực chế biến ngành hàng sen cũng còn một số tồn tại như: sản phẩm trùng lắp giữa các đơn vị dẫn đến sự cạnh tranh nội bộ của ngành hàng, làm giảm khả năng định vị thị trường và kém hiệu quả trong quảng bá, xúc tiến thương mại; khó khăn trong việc quản lý vùng trồng, phòng ngừa bệnh hại trên cây sen, bảo quản sau thu hoạch...
Tại buổi tọa đàm, ngành nông nghiệp đưa ra một số phương pháp về canh tác sen, khuyến cáo nông dân xử lý đất trồng sạch mầm bệnh trước khi gieo trồng, ưu tiên canh tác sen theo hướng hữu cơ nhằm giúp cây sen phát triển bền vững... Một số nông dân mong muốn Hội Ngành hàng sen hỗ trợ kết nối doanh nghiệp thu mua các sản phẩm sen của nông dân ổn định hơn.